Hecho que aun recordamos los Ecuatorianos, ya que él representa libertad, triunfos, batallas, y sentimientos en la gente que lo evoca como el viejo luchador, el caudillo, el cóndor entre otros seudónimos que se le dieron al mejor ecuatoriano de todos los tiempos.
Pocos días después de la muerte del Presidente Estrada, estalló en Guayaquil una revolución acaudillada por el General Pedro J. Montero y por muchos alfaristas. La revolución quedó vencida después de algunos combates muy sangrientos, que con intervalos se dieron en Huigra, Naranjito y Yaguachi. Alfaro y Montero fueron tomados prisioneros junto con otros caudillos, a raíz de haber entrado el general Plaza de Gobierno de Quito.
En la noche del 25 al 26 de enero de 1912 el general Eloy Alfaro Delgado y otros caudillos fueron conducidos a Quito en calidad de prisioneros, llegando a medio día del 28 de enero. Entregados los presos en el Panóptico, pronto penetraron los asesinos complotados desde días atrás. "Fueron soldados los que organizaron la matanza" al decir de Alfredo Pareja Diezcanseco. Está comprobado que el victimario principal -José Cevallos- había estado minutos antes en el despacho del Ministerio de Gobierno Octavio Díaz. Así lo denunció Pío Jaramillo Alvarado, fiscal de causa, quien acusó categóricamente ante la historia al gobierno de Freile Zaldumbide como responsable de la muerte de Alfaro y sus compañeros Medardo Alfaro, Flavio Alfaro, general Ulpiano Paéz, general Manuel Serrano, coronel Belisario Torres y coronel Luciano Coral. Los cuerpos fueron sacados del Panóptico y arrastrados por las principales calles de Quito, al llegar a la planicie del Ejido, los cadáveres ya mutilados en todos sus miembros, fueron incinerados en un cuarto macabro de horror y de sangre. Eloy Alfaro que había conquistado en los campos de batalla la categoría de héroe, adquirió en esta jornada el título de "mártir" con sus compañeros de infortunio. Ya entrada la noche, en religioso silencio el sacerdote canónigo Alejandro Mateus, acompañado de otro presbítero, levantaron los cadáveres carbonizados de las tres piras y los condujeron con las debidas precauciones al Anfiteatro Civil, tras los cuales notificaron a los deudos